নাগরগঞ্জ দাখিল মাদ্রাসা প্রতিষ্ঠিত হয় ১৯৮২ সালে স্থানীয় ধর্মপ্রাণ জনগণের উদ্যোগে। প্রতিষ্ঠার মূল উদ্দেশ্য ছিল এলাকার শিক্ষার্থীদের জন্য ধর্মীয় শিক্ষার পাশাপাশি আধুনিক ও সময়োপযোগী শিক্ষার ব্যবস্থা করা।
প্রতিষ্ঠার প্রাথমিক পর্যায়ে মাদ্রাসাটি ছোট পরিসরে যাত্রা শুরু করলেও পরবর্তীতে সরকারের অনুমোদন সাপেক্ষে “দাখিল মাদ্রাসা” হিসেবে স্বীকৃতি লাভ করে। সেই থেকে ধারাবাহিকভাবে এই প্রতিষ্ঠানটি জ্ঞানচর্চা ও নৈতিক শিক্ষার আলো ছড়িয়ে আসছে।
অভিজ্ঞ ও যোগ্য শিক্ষকমণ্ডলী, শৃঙ্খলাবদ্ধ পরিবেশ এবং স্থানীয় অভিভাবকদের আন্তরিক সহযোগিতায় মাদ্রাসাটি অত্র অঞ্চলের একটি সুপরিচিত শিক্ষা প্রতিষ্ঠানে পরিণত হয়েছে। বর্তমানে এখানে দাখিল স্তর পর্যন্ত পাঠদান কার্যক্রম পরিচালিত হচ্ছে এবং প্রতিবছর শিক্ষার্থীরা সন্তোষজনক ফলাফল অর্জন করে উচ্চতর শিক্ষায় অগ্রসর হচ্ছে।